في هذا العقد لم تتأسس مؤسسات جديدة، لكن خطاب حقوق الإنسان قد نضج وتطور واتسع بفضل جهود العديد من المؤسسات الحقوقية وشراكاتها مع المؤسسات الحقوقية في العالم، وبرزت فيه العديد من المؤسسات التي صارت عريقة في المجتمع الفلسطيني مثل مؤسسة الضمير لرعاية الأسير وحقوق الإنسان، والحركة العالمية للدفاع عن الأطفال – فرع فلسطين، ومؤسسة الحق، واتحاد لجان العمل الزراعي، واتحاد لجان المرأة الفلسطينية، ومركز بيسان للبحوث والإنماء.

 وهو ما حول هذه المؤسسات الست إلى هدف شرعي للاحتلال الإسرائيلي الذي بدأ بمهاجمتها وتجفيف مصادر تمويلها والتنكيل بممثليها واقتحام مقراتها ومن ثم اتهامها بالإرهاب تهيئة لإغلاقها.

بدأ هذا العقد خلال الانتفاضة الثانية، وخلالها اجتاح الاحتلال رام الله عام 2002، وشرع في بناء جدار الفصل العنصري 2003، كما شهدت سلسلة من المجازر مثل مجزرة جنين، وحصار المهد وأشكال مختلفة من العدوان. خلال هذه الفترة لم تتأسس الكثير من المؤسسات الحقوقية، فقد كان الأساس قد بني منذ سنين، وبالتالي فكانت هناك بنية قوية لمؤسسات حقوق الانسان الفلسطينية والتي ضاعفت جهودها ونشاطاتها وقامت ببناء البرامج والمشروعات التي تلبي الحاجة.

 وربما لم يظهر إلى النور في هذا العقد سوى مؤسسة "ميزان لحقوق الانسان" التي تأسست عام 2001 في الأراضي الفلسطينية المحتلة عام 1948، ومؤسسة القوس للتعددية الجنسية والجندرية في المجتمع الفلسطيني عام 2007.

شكل عقد التسعينيات طفرة حقيقية في خطاب حقوق الإنسان، وربما يمكن ربط ذلك بالانتفاضة الأولى وما خلفته من انتهاكات وضرورات لتوثيق وحماية الإنسان، ويمكن ربطه أيضاً بتأسيس السلطة الفلسطينية وإمكانية العمل في إطارها، إضافة 
إلى بروز جيل جديد منكشف أكثر على العالم الغربي، فمن جهة هناك اهتمام بتوثيق وحماية الإنسان، ومن جهة أخرى هناك التواصل مع العالم والمطالبة بالمظلومية، فتأسست مواطن المؤسسة الفلسطينية لدراسة الديمقراطية عام 1991 وهي مؤسسة حقوقية تعنى فقط بالبحث الأكاديمي في حقوق الإنسان، كما برزت عدة مؤسسات مهمة لا يزال أثرها ملحوظاً حتى اليوم: مؤسسة الضمير التي تأسست عام 1991، الهيئة المستقلة لحقوق الانسان – ديوان المظالم التي تأسست عام 1993، المركز الفلسطيني لحقوق الإنسان – غزة الذي تأسس عام 1995، الجمعية الفلسطينية لحقوق الإنسان التي تأسست عام 1996، والمركز القانوني لحماية حقوق الأقلية العربية- عدالة الذي تأسس في حيفا عام 1996، ومركز مساواة لحقوق المواطن العرب في إسرائيل الذي تأسس عام 1997، بالإضافة إلى مركز القدس للمساعدة القانونية وحقوق الإنسان الذي تأسس عام 1997.

انطلقت العديد من المؤسسات في هذه الحقبة – وخاصة في الضفة الغربية وقطاع غزة – والتي سعت إلى مواجهة الاحتلال الإسرائيلي عبر شبكة منظمات توفر خدمات متكاملة تضمنها حقوق الإنسان، مثل: الصحة والأمن الغذائي وحقوق المرأة، فتشكلت مجموعة من المؤسسات ومنها: اتحاد لجان العمل الصحي عام 1980، واتحاد لجان المرأة الفلسطينية عام 1980، واتحاد لجان العمل الزراعي عام 1986 والمركز الفلسطيني لمعلومات حقوق الإنسان والذي تأسس في القدس عام 1986.

كانت هذه الحقبة بداية الاحتلال المباشر للضفة الغربية والقدس وقطاع غزة، إضافة لانتهاء الحكم العسكري الذي كان مفروضاً على الفلسطينيين في الداخل، لذا بدأ الفلسطينيون في معظم أماكن تواجدهم بمناوئة القوانين والسياسات المفروضة عليهم، وتشكيل تنظيماتهم الحقوقية. وقد تأسس في نهاية هذا العقد عام 1979 كل من؛ جمعية الإغاثة الطبيبة، ومؤسسة الحق والحركة العالمية للدفاع عن الأطفال فرع فلسطين.