بدأ هذا العقد خلال الانتفاضة الثانية، وخلالها اجتاح الاحتلال رام الله عام 2002، وشرع في بناء جدار الفصل العنصري 2003، كما شهدت سلسلة من المجازر مثل مجزرة جنين، وحصار المهد وأشكال مختلفة من العدوان. خلال هذه الفترة لم تتأسس الكثير من المؤسسات الحقوقية، فقد كان الأساس قد بني منذ سنين، وبالتالي فكانت هناك بنية قوية لمؤسسات حقوق الانسان الفلسطينية والتي ضاعفت جهودها ونشاطاتها وقامت ببناء البرامج والمشروعات التي تلبي الحاجة.

 وربما لم يظهر إلى النور في هذا العقد سوى مؤسسة "ميزان لحقوق الانسان" التي تأسست عام 2001 في الأراضي الفلسطينية المحتلة عام 1948، ومؤسسة القوس للتعددية الجنسية والجندرية في المجتمع الفلسطيني عام 2007.